در همین حین گروهی دیگر از بازماندگان علیه او شورش کردند و سرانجام پس از بازگشت کاپیتان و نبردهای مرگبار، کورنلیس دستگیر و پس از محاکمه به همراه شش تن از افرادش اعدام شد.

اتفاقات منجر به غرق شدن کشتی باتاویا و نزاع‌های پس از آن برای قرن‌ها نظر مورخان و افراد کنجکاو را به خود جذب کرده است. در حال حاضر، یک تیم تحقیقاتی بین‌المللی به رهبری باستان‌شناسان دانشگاه استرالیای غربی، شواهدی جدیدی را به دست آورده اند که جزئیاتی از سرنوشت ساکنان این کشتی را روشن تر می‌کند.

باستان‌شناسان در تحقیقات خود بر گورستان مرکز جزیره «بیکن» تمرکز نموده اند که اجساد قربانیان در روزهای اول پس از شورش در آن جا دفن شده است.